A NOTER : ce guide fait l'objet d'une mise à jour disponible en ligne ct88.espaces-naturels.fr

Etablir le plan de gestion d'un espace protégé consiste d'abord à effectuer un diagnostic : identifier et hiérarchiser le patrimoine présent, évaluer les fonctionnalités des écosystèmes et analyser le contexte socio-économique, de manière à clarifier les enjeux de conservation, desquels découlent des objectifs et des opérations de gestion. Cette démarche doit être partagée avec les acteurs du territoire pour que la gestion ultérieure de l'espace protégé soit comprise et facilitée.

Depuis 1991, les gestionnaires de réserves naturelles utilisent un guide méthodologique pour élaborer le plan de gestion de l’espace dont ils ont la responsabilité. Actualisé une première fois en 1998, il l'a été de nouveau en 2006. L’évaluation de la valeur patrimoniale y a été précisée, une plus grande place est donnée à la géologie. Tirant les leçons de la démarche « Natura 2000 : document d’objectifs », le diagnostic socio-économique et la concertation y prennent plus d’importance. Enfin une méthode « pas à pas » est donnée pour la définition des objectifs et des opérations, fondée sur des enjeux clairement identifiés, préparant ainsi l’évaluation annuelle et quinquennale.

Cette méthode s’applique aux réserves naturelles mais elle peut également être utilisée pour les sites visés par un arrêté préfectoral de protection de biotope, les espaces naturels sensibles, les sites acquis par le Conservatoire du Littoral, ceux des Conservatoires régionaux d’espaces naturels, etc. pour autant que leur vocation principale demeure la conservation du patrimoine naturel.